殺菌的原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢;溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的最適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢。
巴氏殺菌機的應用：
    巴殺殺菌機主要應用于啤酒、鮮牛奶、罐頭、食品等高營養生產的消毒過程。其中啤酒生產中應用的最成熟。
 
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