每一個有機肥料生產(chǎn)廠都是根據(jù)當(dāng)?shù)刭Y源情況來確定原料的，通常有機肥生產(chǎn)的主要原材料是畜禽糞便、城市污泥、草炭和作物秸稈等。原料的不同、生產(chǎn)工藝的差異使得有機肥料生產(chǎn)廠主要污染工序和污染物有所不同。
（1）以草炭為原料的有機肥生產(chǎn)廠。主要污染工序是草炭粉碎和篩選過程。污染物有草炭在粉碎和篩選過程產(chǎn)生的粉塵、粉碎機和篩選設(shè)備運行時產(chǎn)生的噪聲和職工日常生活廢水、垃圾。
（2）以粉碎的作物秸稈為原料的有機肥生產(chǎn)廠。主要污染工序是秸稈粉碎和堆肥過程。污染物有秸稈在粉碎過程產(chǎn)生的粉塵、堆肥過程產(chǎn)生氨氣、粉碎機運行時產(chǎn)生的噪聲和職工日常生活廢水、垃圾。
（3）以城市污泥為原料的有機肥生產(chǎn)廠。主要污染工序是好氧堆肥和篩選過程。污染物有堆肥過程產(chǎn)生的臭氣、化篩選和分級篩選過程產(chǎn)生的粉塵、篩選設(shè)備運行時產(chǎn)生的噪聲和職工日常生活廢水、垃圾。
（4）以畜禽糞便為原料的有機肥料生產(chǎn)。方法較多，有的工藝單一、有的工藝比較復(fù)雜，因此主要污染工序、污染物也不相同。具體情況如下：
1. 烘干法。該方法生產(chǎn)有機肥的主要污染工序是雞糞在烘干筒中烘干過程。污染物是烘干過程產(chǎn)生的惡臭氣體和職工日常生活廢水、垃圾，而烘干用的熱風(fēng)爐是否對環(huán)境造成污染要根據(jù)具體情況分析。
2. 水解處理法。水解處理法的主要污染工序是有機肥清罐、干燥過程。污染物是清罐、干燥過程產(chǎn)生的惡臭氣體和職工日常生活廢水、垃圾，而蒸汽爐是否對環(huán)境造成污染要根據(jù)具體情況分析。
3. 條垛式堆腐法和棚式發(fā)酵法。這2種主要污染工序是堆放、發(fā)酵過程和輔料粉碎過程。污染物有堆放、發(fā)酵過程產(chǎn)生的臭氣，輔料粉碎過程產(chǎn)生的粉塵和職工日常生活廢水、垃圾。
4. 圓筒發(fā)酵法。缺點是發(fā)酵不充分，主要污染工序是二次發(fā)酵和輔料粉碎過程。污染物有二次發(fā)酵過程產(chǎn)生的臭氣、輔料粉碎過程產(chǎn)生的粉塵和職工日常生活廢水、垃圾。生產(chǎn)用的熱風(fēng)爐或蒸汽爐是否對環(huán)境造成污染要根據(jù)具體情況分析。
5. 塔式發(fā)酵法和禽畜糞便處理設(shè)備生產(chǎn)有機肥法。主要污染工序是物料堆放、發(fā)酵過程和輔料粉碎過程。污染物有發(fā)酵過程產(chǎn)生的臭氣，輔料粉碎過程產(chǎn)生的粉塵和職工日常生活廢水、垃圾。
有機肥生產(chǎn)過程產(chǎn)生污染物環(huán)節(jié)不單單在加工過程，不少生產(chǎn)廠家在備料階段就有污染物產(chǎn)生，特別是那些需要從畜禽飼養(yǎng)場收集畜禽糞便的有機肥料生產(chǎn)廠，在原料收集、運輸、暫存過程就會產(chǎn)生臭氣，招來蚊蠅。出現(xiàn)這種情況原因有2個：一個是畜禽糞便中含有大量的有機質(zhì)和較多的氮磷鉀養(yǎng)分，在排出畜禽體外后會迅速發(fā)酵，產(chǎn)生硫化氫、氨、胺類、揮發(fā)性有機酸等惡臭物質(zhì)，特別是其中氨的揮發(fā)在畜禽糞便排放當(dāng)天就會產(chǎn)生，在畜禽糞便氨的揮發(fā)過程中，除馬糞的氨揮發(fā)量極低且沒有揮發(fā)高峰外，其余畜禽糞便的氨揮發(fā)高峰期一般在2d內(nèi)即可達到，其中只有豬糞稍晚至4～6d到達。另一個是有機肥生產(chǎn)廠為保證原料的充足和生產(chǎn)的連續(xù)性，將收集的大量畜禽糞便存放在庫房或暫存場沒有及時處理引起的。
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